「呼吸器系」とは内臓学の1つの項で、呼吸を司る器官の集合体のことである。
また、呼吸には外呼吸と内呼吸があるが、この場合の呼吸は外呼吸を指している。「呼吸」というのはガス交換のことで、この場合のガスは酸素と二酸化炭素を指している。
呼吸器系は、以下のように大きく気道と肺の2つに分けて考えることができる。
